港南福音教会の歩みは1951年、モンゴル伝道に従事していたスウェーデン人宣教師E・ボーリン師夫妻が、小橋内（現港南）町に宣教師館を購入したところから始まりました。
当時の教会名は「小橋内福音教会」。1959年には米軍払い下げのかまぼご型会堂が与えられました。
1965年には当教会最後の宣教師となったG・ヘルベル師が退任。以降は日本人牧師によって伝道・牧会がなされていきます。
1967年、町名の変更に伴い、教会名も「小橋内福音教会」から「港南福音教会」に変更。
その後、聖書福音教団の設立に伴い、1974年から「日本聖書福音教団 港南福音教会」としての歩みが始まりました。
その間会堂は何度かの改築を経験し、1970年には総二階建てになりました。そして1979年には会堂横に「教育館」が信徒の手により建てられ、教会学校の分級などに使用されました。
1984年からは約7年間の無牧時代を経験しましたが、主の御手に支えられながら教会の働きは継続されました。
2004年に聖書福音教団はルーツを同じくする日本同盟基督教団に合流し、当教会の名称も「日本同盟基督教団 港南福音教会」となりました。
そして2009年、長く祈られていた新会堂がついに完成。
「心のオアシスなる教会」を目指しながら、室蘭市港南町の地で宣教を続けています。
